廈門(mén)市第二醫(yī)院是一所具有專(zhuān)科特色的大型綜合醫(yī)院，始創(chuàng)于1898年的美國(guó)教會(huì)醫(yī)院，至今已有112年的歷史，百年滄桑鑄就了“嚴(yán)謹(jǐn)、至善、團(tuán)結(jié)、進(jìn)取”的二院精神。1998年、2003年分別與海滄醫(yī)院、集美醫(yī)院合并，總部遷至集美，在廈門(mén)市六個(gè)行政區(qū)域中占據(jù)2個(gè)行政區(qū)域，是廈門(mén)島外最大的惟一市屬三級(jí)綜合醫(yī)院。

目前醫(yī)院占地面積10.6萬(wàn)平方米，建筑面積6.66萬(wàn)平方米，實(shí)際開(kāi)放床位802張。醫(yī)院科室設(shè)置齊全，臨床科室39個(gè)，醫(yī)技科室15個(gè)。職工總數(shù)近1300人，其中：專(zhuān)業(yè)技術(shù)人員占職工總數(shù)的84.7%；衛(wèi)生技術(shù)人員專(zhuān)業(yè)技術(shù)人員總數(shù)的95.2%，醫(yī)學(xué)博士、碩士占衛(wèi)技人員總數(shù)的11.4%，其中有多名來(lái)自英、美、德、韓等海歸博士及博士后。

醫(yī)院專(zhuān)科特色突出，始終堅(jiān)持貫徹名醫(yī)、名科、名院的“三名”戰(zhàn)略。現(xiàn)擁有一個(gè)市級(jí)醫(yī)學(xué)中心（廈門(mén)市呼吸疾病診治中心）和4個(gè)市級(jí)規(guī)劃重點(diǎn)專(zhuān)科（職業(yè)病防治中毒救治、慢性腎衰診療、泌尿系結(jié)石診治、婦科腔鏡）。上述科室是醫(yī)院重點(diǎn)發(fā)展和扶持的科室，在閩西南地區(qū)擁有較高知名度。根據(jù)醫(yī)院中長(zhǎng)期規(guī)劃：呼吸內(nèi)科、泌尿腎臟病診治、心腦血管病診治、ICU重癥監(jiān)護(hù)、影像診斷、創(chuàng)傷救治、中毒救治、多學(xué)科微創(chuàng)診療技術(shù)應(yīng)用（腔鏡技術(shù)）等作為醫(yī)院重點(diǎn)發(fā)展和扶持的科室和專(zhuān)業(yè)，并保持技術(shù)優(yōu)勢(shì)。 醫(yī)院現(xiàn)擁有大型設(shè)備如GE雙排、四排全身螺旋CT機(jī)各 1 臺(tái)、GE1.5TMR、DR、數(shù)字X線攝影系統(tǒng)；數(shù)字化乳腺X光機(jī)；TCD；原裝進(jìn)口彩超 6 臺(tái)；彩色多普勒超生儀；瑞典金寶系列血液透析機(jī) 15 臺(tái)、連續(xù)腎替代一體機(jī)、中央水處理系統(tǒng)；全自動(dòng)生化分析儀、全自動(dòng)發(fā)光免疫分析儀；雙頻雙脈沖激光碎石系統(tǒng)；熒光電子支氣管鏡；人工心肺機(jī)；麻醉手術(shù)室中央監(jiān)護(hù)系統(tǒng)；ICU中央監(jiān)護(hù)系統(tǒng)；透射電子顯微鏡；一體化腔鏡手術(shù)室（全省惟一），以及婦科、泌尿外科、神經(jīng)外科、胸外科、骨科各專(zhuān)科系列的全套進(jìn)口腔鏡微創(chuàng)手術(shù)設(shè)備等。各類(lèi)設(shè)備總價(jià)值約1.6億。

醫(yī)院作為廈門(mén)醫(yī)學(xué)高等專(zhuān)科學(xué)校的附屬醫(yī)院，福建醫(yī)科大學(xué)、福建中醫(yī)學(xué)院、廈門(mén)大學(xué)醫(yī)學(xué)院、莆田學(xué)院的教學(xué)醫(yī)院。2009年各類(lèi)科研課題申報(bào)達(dá)84項(xiàng)（地市級(jí)以上課題54項(xiàng)）。其中，各級(jí)課題立項(xiàng)29項(xiàng)：院級(jí)17項(xiàng)，區(qū)級(jí)2項(xiàng)，地市廳級(jí)9項(xiàng)，省級(jí)1項(xiàng)。